Sinopsis Yu☆Gi☆Oh! Movie: Chou Yuugou! Toki wo Koeta Kizuna/Yugioh/Yu-Gi-Oh! The Movie: Ultra Fusion! Bonds Over Time and Space/Yu-Gi-Oh! 10th Anniversary Special/10th Anniversary Gekijouban/Yu-Gi-Oh! The Movie: Super Fusion! Bonds That Transcend Time/Yu-Gi-Oh! Bonds Beyond Time/劇場版 遊☆戯☆王 ～超融合! 時空を越えた絆～/Yu-Gi-Oh! 3D: Bonds Beyond Time: Saat mengendarai dengan Jack Atlas dan Crow Hogan, naga Stardust Yuusei Fudou ditangkap oleh Paradox, seorang Duelist Turbo yang misterius dari masa depan, selama duel turbo dan berubah menjadi monster dosa. Dengan bantuan The Crimson Dragon, Yuusei mengejar paradoks saat ia memasuki slip waktu, berakhir di masa lalu. Selama waktu ini, duel paradoks melawan Jaden Yuki, yang masih dapat menggunakan kekuatan Yubel dan Raja Tertinggi. Namun, pada saat ini Paradox juga menangkap Cyber End Dragon dan Rainbow Dragon dan Offlhelms Jaden. Dia diselamatkan berkat Yuusei dan Crimson Dragon. Jaden memberi tahu Yuusei tentang niat sejati Paradox. Dengan mencuri berbagai monster dari seluruh waktu dan mengubahnya menjadi gelap, ia berencana untuk membunuh Maximillion Pegasus, pencipta Monster Duel, mencegah permainan dari diciptakan dan menyebabkan peristiwa ketiga seri tidak pernah terjadi.
Yuusei dan Jaden setuju untuk mengejar paradoks, yang membawa mereka ke masa lalu dan menyebabkan pertemuan dengan raja permainan, Yuugi Mutou. Namun, pada saat Yuusei dan Jaden tiba, Paradox telah menyerang waktunya, konon membunuh baik Pegasus dan Kakek Yuugi, dan juga berhasil mencuri naga putih mata-mata dan naga hitam mata merah. Setelah menjelaskan semuanya kepada Yuugi, ia setuju untuk bertarung dengan Yuusei dan Jaden melawan paradoks dalam duel tiga-lawan satu untuk membebaskan monster yang terperangkap dan menyelamatkan dunia dan waktu itu sendiri sebelum terlambat.
