Sinopsis Sousei no Aquarion/Genesis of Aquarion/Holy Genesis Aquarion/創聖のアクエリオン/Aquarion: Sekali waktu, ras yang dikenal sebagai malaikat bayangan menyerang bumi untuk memanen kekuatan hidup semua orang yang mendiami planet ini. Berkat keajaiban yang keterlaluan, Shadow Angels menjadi tidak aktif, dan umat manusia mampu hidup 12.000 tahun lagi tanpa takut akan kehadiran mereka. Tetapi 11 tahun setelah sebuah bencana dijuluki Kejadian Suci membawa kehancuran ke bumi, para malaikat bayangan diaduk dari tidur mereka dan melanjutkan serangan sekali lagi.
Untuk memberi kemanusiaan sedikit kebetulan, sebuah organisasi yang dikenal sebagai Deava dibentuk, dan penggunaan senjata robot bernama Aquarion telah diizinkan. Agar Aquarion dibawa ke kekuatan penuh, tiga pilot harus menggabungkan hati, tubuh, dan jiwa mereka menjadi satu – suatu prestasi yang bisa diharapkan oleh beberapa orang. Dengan demikian, pencarian yang disebut ‘pengguna elemen’ diprioritaskan, berharap untuk memastikan masa depan umat manusia.
Sousei no Aquarion mengikuti kisah Apollo, seorang pemuda yang hampir liar dibesarkan dalam kemiskinan, yang diyakini sebagai pahlawan legendaris yang bereinkarnasi. Setelah sahabatnya diambil oleh Shadow Angels, Apollo memilih untuk menjadi pilot Aquarion. Akankah dia dapat mengubah gelombang perang, dan membebaskan kemanusiaan dari ancaman malaikat bayangan untuk sekali dan untuk semua?
