Sinopsis Mahou Shoujo Madoka★Magica Movie 3: Hangyaku no Monogatari/Mahou Shoujo Madoka Magika Movie 3/Magical Girl Madoka Magica Movie 3//Puella Magi Madoka Magica the Movie: Rebellion/Puella Magi Madoka Magica Film 3: Rebellion/Puella Magi Madoka Magica la Película: Rebellion/Puella Magi Madoka Magica-Film 3: Rebellion: Gadis-gadis muda Mitakihara dengan bahagia menjalani hidup mereka, kadang-kadang melawan kejahatan, tetapi sebaliknya menjalani rutinitas sehari-hari yang damai. Namun, Homura Akemi merasa ada yang salah dengan suasana luar biasa menyenangkan ini—walaupun yang lain tetap tidak menyadarinya, dia curiga ada sesuatu yang lebih dari yang terlihat: seseorang yang seharusnya tidak ada saat ini hadir untuk bergabung dalam aktivitas mereka.
Mahou Shoujo Madoka★Magica Movie 3: Hangyaku no Monogatari mengikuti Homura dalam perjuangannya untuk mengungkap kebenaran menyakitkan di balik keadaan misterius, saat dia dengan egois dan mati-matian berjuang demi cinta abadinya dalam kesimpulan kisah lima gadis penyihir yang dilanda keputusasaan.
