Sinopsis Muv-Luv Alternative: Total Eclipse/MuvLuv Alternative Total Eclipse/MLA TE/マブラヴ オルタネイティヴ トータル・イクリプス/Total Eclipse: Pada tahun 1973, setelah perang bulan selama enam tahun yang kejam, spesies alien yang bermusuhan yang dikenal sebagai beta-yang berasal dari terestrial ekstra yang merupakan musuh umat manusia-yang diinvasi Bumi, membunuh miliaran dan menghancurkan Eurasia. Sementara beta dapat dihancurkan dengan senjata konvensional, kelas laser mereka dapat memusnahkan seluruh armada pesawat, memaksa umat manusia untuk mengembangkan jas tempur raksasa yang disebut Tactical Surface Fighters (TSF) untuk memerangi mereka.
Ketika beta mencapai Jepang pada tahun 1998, siswa sekolah militer dan pilot TSF – atau Eishi – Yui Takamura diperintahkan untuk membela garis pertahanan terakhir Kyoto dengan teman sekelasnya. Dengan mengorbankan kehidupan manusia yang tak terhitung jumlahnya dan pengorbanan teman -teman Yui, Angkatan Darat Kekaisaran Jepang berhasil mengusir penjajah, meninggalkan kehancuran di belakangnya. Namun, pertemuan ini membuat YUI bertekad untuk tidak pernah membiarkan sesuatu seperti ini terjadi.
Tiga tahun kemudian, sekarang seorang letnan, Yui bergabung dengan proyek XFJ, program pengembangan TSF Jepang-Amerika yang berbasis di Alaska. Dalam tim internasional yang terdiri dari pilot uji Jepang-Amerika yang tidak kooperatif Yuuya Bridges dan berbagai eishi dari negara-negara yang hilang dari beta, tugas Yui adalah untuk membantu mengembangkan Shiranui TSF Jepang yang baru. Di tengah ketegangan politik yang diwarisi dari Perang Dingin, alternatif MUV-LUV: Gerhana total mengikuti misi halus Yui dan perjalanan Yuuya untuk mengatasi setan masa lalu yang masih menghantuinya.
