Sinopsis Aquarion Evol/アクエリオンEVOL: 12.000 tahun setelah peristiwa di Kejadian Aquarion, manusia hidup di bintang Vega di bawah ancaman konstan makhluk trans-dimensi yang disebut penculik. Musuh -musuh ini berasal dari bintang saudara perempuan Vega Altair dan Raid Vega untuk kehidupan manusia. Sebagai penanggulangan, sebuah organisasi yang dikenal sebagai neo-deava dibentuk untuk memerangi para penculik. Mereka pilot canggih mecha setelan yang disebut aquaria dan dipisahkan secara ketat oleh jenis kelamin. Anak laki -laki dan perempuan tidak diizinkan kontak; Mereka bahkan terkendali dari pertempuran di medan perang yang sama. Namun, peristiwa mengambil giliran yang mengejutkan ketika setelan mecha penculik canggih bergabung dengan keributan. Dua remaja, Mikono dan Amata, diseret ke dalam konflik. Tanpa sadar, Amata melakukan tabu ketika ia memanggil aquaria dan menginisialisasi apa yang disebut persatuan terlarang antara akuarium pria dan wanita. Neo-deava terkejut, dan dampak tindakan Amata jauh lebih jauh daripada yang dia sadari. Bagaimana dia bisa memanggil akuaria? Di mana dia belajar membentuk persatuan terlarang? Dan mengapa Mikono juga dapat mengemudikan setelan mecha?