Sinopsis Hataraku Saibou!! Saikyou no Teki, Futatabi. Karada no Naka wa “Chou” Oosawagi!/Cells at Work!!//Cells at Work!! The Return of the Strongest Enemy. A Huge Uproar in the Body’s Bowels!: Ippan Saibou iri dengan pujian publik yang diterima sel sistem kekebalan seperti sel darah putih karena melindungi tubuh manusia dari patogen mematikan. Daripada menonton dengan aman dari rumahnya, dia juga ingin berguna dan mendapatkan pengakuan atas usahanya. Dia segera menemukan sekelompok bakteri yang tampak kekanak-kanakan tersapu oleh arus sungai. Meskipun mengetahui potensi bahaya yang ditimbulkannya, dia menyelamatkan bakteri tersebut dan membawa mereka ke tempat yang aman. Namun, Hakkekkyuu U-1146 mengetahui keberadaan bakteri ini dan memburunya.
Sementara itu, di tempat lain di tubuh manusia terdapat NK Saibou yang sedang mencari seseorang. Berdasarkan informasinya, dia adalah antigen yang pernah ditemui sel sistem kekebalan tubuh sebelumnya, dan dia mungkin kembali untuk membalas dendam.
